首任“校长”马云在开学致辞中表示，企业家是需要天赋的，一旦发现要花时间去训练、打磨，湖畔大学就是要去发现、训练和培养企业家。“我们这些人包括我都是犯了无数的错误，错误让我们走到了今天。湖畔大学最大的不同，就是我们在这学习别人是怎么失败的。在战场上活着的人才是胜利者，活着出来的人才是成功者。”
学员表演《沧海一声笑》使用的木琴，是他们自己用两天时间，在亲手杭州一家木艺馆制作出来的。马云开玩笑说，这是他看过的“最糟糕的演出”，没有一个人星光灿烂，但这就是湖畔大学，我们就是要简简单单，把一个种子埋下去，让这颗树慢慢长大。
“湖畔大学要办300年，”马云说，马云对学员们说，湖畔大学不是校董们创造的，而是学校与学员共同建造的。
易到用车创始人周航作为首届学员代表在开学典礼上发言，分享了自己的创业经历和他对互联网的理解。“我对湖畔有一种期待，我希望在这里能够诞生中国商业的主流价值观。它应该告诉我们未来我们创新发展的新范式和新观点，就像硅谷一样。”
马云对首批学员非常看好，他表示，中国经济未来要靠品质的增长，这是新一代企业家最大的机会。“我从你们的面试材料里面看，你们已经在开始掌握新的技术，这种技术逼迫你们走向精细化管理，这也是中国巨大的机会所在。”
随着开学典礼的举行，湖畔大学的首个课程模块的授课即将展开。接下来的两天半时间里，马云将主讲战略模块的课程。
湖畔大学由马云、柳传志、冯仑、郭广昌、史玉柱、沈国军、钱颖一、蔡洪滨、邵晓锋等九名企业家和著名学者发起并担任首批校董，名称源于阿里巴巴1999年创业所在地杭州湖畔花园小区，2003年淘宝也在湖畔花园诞生，代表创业的精神。
湖畔大学将专注于培养拥有新商业文明时代企业家精神的新一代企业家，主张坚守底线、完善社会。湖畔大学遵循公益心态、商业手法的原则，坚持公益性和非营利性，第一任校长由马云担任。