Codeigniter 2.0.0 已经发布快一个月了，关于新版本的一些变化大家可以查看CI中国网站有详细说明，本文主要讲述多目录配置以及URL设置这两个问题。
目标一：CI 2.0 多目录（应用程序）配置。
多目录的意思是指在同一个网站中有多套程序，最简单的例子就是网站的前台展示与后台管理。二者由于在网站功能中分属不同部分，通常会有不同的界面， 用到images/stylesheet/javavascript基本是分开的，所以设置不同目录。直观的例子来看，形如以下：
网站前台URL：http://www.aaa.com 网站后台管理URL:：http://www.aaa.com/admin
CI 2.0源码下载解压后文件结构如下图，默认是只有一个目录的。
为了达成多目录共享一个CodeIgniter的目标，我们要完成以下步骤：
1、 在application目录下新建子目录admin，将上图中红框标注的5个文件夹复制到admin下。这五个文件夹的的作用简单描述一下，详细说明可参考CI官网：
admin/config：基本配置文件
autoload.php 可设置本目录程序默认加载哪些类库；
config.php 可设置仅限本目录程序的一些全局变量；
database.php 可设置仅限本目录程序的数据库连接（DSN）变量；
routes.php 可设置本目录程序的默认加载控制器。
admin/controllers：存放本目录控制器
admin/libraris：存放本目录CI类库
admin/models：存放本目录的模型文件，这个地方有必要解释一下，通常前台后台用到的数据表(table)是相同的，但是对数据表的基本 操作是不同的，现在的做法用来将各部分常用的数据模型操作写成function分别存放，当然也不排除两部分会有相同情况，如都可以自定义方法 get_all()用来读取当前模型(table)的所有数据。
admin/view：存放本目录的视图，可以理解为page。
2、设置入口文件。因为根目录下的index.php默认是去找applcation下的controllers下的控制器，为了读取 applcation/admin/controllers下的控制器，我们需要在网站根目录下新建admin文件，并将根目录下的index.php复 制至此，接下来编辑此index.php，找到:
$system_path = "system"; //改为 $system_path = "../system"; $application_folder="application"; //改为 $application_folder = "../application/admin";
另外此目录可能用到的css/js/images 文件夹 也可以放在新建的admin之下。
此时的程序目录结构如下：
至此，第一个目标已经实现，我把两个目录的默认控制器加载的视图分别做了一下修改，现在给大家展示下我们第一个目标的成果。
前台：
后台：
目标二：设置友好简洁的URL。
第一个目标完成之后，现在通过URL http://ci.home/admin 可以去读取当前应用程序里面配置文件中默认设置好的控制器welcome，但是对于非默认的控制器读取url就有些略长了，比如在admin/applcation/controllers里有一个login控制器(对应程序就是login类)用来显示后台登陆页面，需要通过这个url才能访问 http://ci.home/admin/index.php/login/index ，根据CI规则，如果url中不写类的方法会默认读取index()方法，所以上面这个url也可以通过http://ci.home/admin/index.php/login访问。
要实现的目标显然不是上面这个，这个URL中还有一个index.php是看着不舒服的，真正的目标是把它去掉。实现方式其实很简单，那就是通过.htaccess文件对URL重写(rewrite)。接下来在根目录下admin文件里里面创建一个.htaccess文件，内容如下：
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|css|js|scripts|robots\.txt|)
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
不熟悉apache .htaccess文件重写规则的可以去查一下文档，此处规则是将对admin的访问除images、css、js、scripts外都转向此目录下的index.php。
所以CI可以通过重定向将 http://ci.home/admin/login
转向http://ci.home/admin/index.php/login 。（全文完）
原文：http://www.phpwell.com/?p=535
相关教程：Codeigniter多目录配置网站前台后台的方法(2) 【不同方法】