Android从来都是Linux，但多年来Android一直独立发展，其代码没有被整合到主流Linux中。Android和Linux的纠纷起源于2010年秋季，Google工程师帕特里克·布拉迪当时称Android不是Linux，但实际情况并非如此。
Google为Android确立了不与主流Linux内核兼容的策略，Linux基金会（Linux Foundation）稳定版Linux内核维护工程师、Linux驱动程序项目掌门格雷格·克罗赫曼（Greg Kroah-Hartman）表示，“Android内核代码不只是drivers/staging/android目录下的一些驱动程序。Android系统的正常运行需要Google新开发的lock类型，以及核心系统中的hook。要为Android开发硬件驱动程序，开发者需要正确地使用新lock和奇异的安全模式，另外Android还使用了完全不同的帧缓冲器驱动程序接口。”
Android和Linux之间的差异来自多个方面，其中之一是Google的Android开发团队采用自主方式解决能耗问题；另外一个因素是Android团队忙于开发Android设备细节问题，在与Linux核心团队合作方面做得不够好。
开发者社区在如何恰当地在Linux中处理Android特有代码方面有很多争论，争论的结果是托瓦兹2009年年末将Android驱动程序剔出Linux内核。
尽管Android团队和Linux团队有分歧，但Android从来没有面临因违反GPLv2而遭到Linux团队起诉的风险。托瓦兹曾表示，有关Android违反GPL的说法是“完全错误的”。
托瓦兹去年秋季曾表示，“尽管还有许多工作需要做，但Android和Linux最终将回归相同的内核，这一工作在4-5年内无法完成。”克罗赫曼当时也表示问题之一是，“Google的Android团队人员少，任务紧，资源有限，从长期来看与我们合作有助于他们降低成本”。托瓦兹说，“我们只是过去一段时间的方向不同，从长期来看我们还会合二为一，所以我没有什么好担心的。”
Android和Linux整合的步伐快于预期，在去年10月份的内核峰会上，Linux内核开发者“一致认为，Android内核代码应当整合到主流内核中”，并因此创建了Android主流化项目（Android Mainlining Project）。
克罗赫曼去年12月份表示，“在3.3版内核发布时，Android内核的绝大部分内容将被整合到主流内核中，但还有许多工作需要完成，才能更好地满足内核社区的需求，这需要更长的时间。”
目前Android代码可以在Linux 3.3中编译，而且能够运行。但克罗赫曼指出，Android的WakeLocks尚未被整合到主流内核中。