WebApplication编程模型的优点：

·网站编译速度快，使用了增量编译模式，仅仅只有文件被修改后，这部分才会被增量编译进去。

·生成的程序集
WebSite：生成随机的程序集名，需要通过插件WebDeployment才可以生成单一程序集
WebApplication：可以指定网站项目生成单一程序集，因为是独立的程序集，所以和其他项目一样可以指定应用程序集的名字、版本、输出位置等信息

·可以将网站拆分成多个项目以方便管理

·可以从项目中和源代码管理中排除一个文件

·支持VSTS的Team Build方便每日构建

·更强大的代码检查功能，并且检查策略受源代码控制

·可以对编译前后进行自己规定的处理

·对App_GlobalResources 的Resource强类支持

·直接升级使用VS2003构建的大型系统



WebSite编程模型的优点：

·动态编译该页面，马上可以看到效果，不用编译整个站点（主要优势）

·同上，可以使错误的部分和使用的部分不相干扰

·可以每个页面生成一个程序集

·可以把一个目录当做一个Web应用来处理，直接复制文件就可以发布，不需要项目文件

·可以把页面也编译到程序集中


两种编程模型的互相转换：

VS2005 SP1内置了转换程序，可以非常方便的从WebSite转换到WebApplication
只需要复制文件，右键执行“转换为Web应用程序”即可。
未查到有专门的反向转换工具，但比较后发现如果转换也非常简单。
*.designer.cs
*.aspx
*.ascx
*.master

删除所有*.designer.cs
将*.aspx、*.ascx、*.master页面文件中的 Codebehind="FileList.aspx.cs" 批量替换成 CodeFile="FileList.aspx.cs"

总之，大网站比较适合用WebApplication项目，小网站比较适合用WebSite项目。