针对不同的主板厂商所提供的支持SATA的芯片组不同，因此设置方法也不尽相同。这里我们以INTEL ICH5、ICH5R、ICH6、ICH6R芯片组为主做一下重点介绍。对不同芯片组不同的设置方法我们可以参考主板的说明书进行设置。
一、Intel系列芯片组主板的设置
以ICH5、ICH5R、ICH6、ICH6R为代表的Intel南桥芯片支持SATA，目前的i865、i875及i915、i925系列等芯片组都提供了对SATA的支持。我们对以下几种情况的设置进行详解。
<1>1个PATA硬盘+1个SATA硬盘+1个光驱,将SATA硬盘做为系统盘的设置方法：
首先我们对主板与硬盘、光驱的物理连接做以下设置：
1、将主板上IDE2接口与PATA硬盘进行连接，注意数据线两端的“Master”端分别连接硬盘与主板，并将PATA硬盘的跳线设置为默认（主盘），连接好电源线；
2、将SATA硬盘的数据接口与主板上SATA1接口进行连接，连接好电源线；
3、将光驱的跳线设置为“从盘”，并与连接硬盘与主板数据线的“Slave”端进行连接，接好电源线。
通过以上设置，我们便完成了主板、光驱、两个硬盘的连接过程。接下来开机，按DEL键进入主板的BIOS设置项，进行设置，设置过程如下：
1、选择并进入“Integrated Peripherals”设置窗口，进入“OnChip IDE Device”设置画面。在该画面中，除了将“IDE HDD Block Mode”、“On-Chip Primary PCI IDE”、“On-Chip Secondary PCI IDE”三个选项设置为“Enabled”外，其他8个选项全部设置为“Auto"。
2、将光标移动到窗口下方的“On-Chip Serial ATA”选项上按回车键，然后在弹出的窗口中选中“Combined Mode”后按回车键;
3、将光标移动到“Serial ATA Port0 Mode”上按回车键，在弹出的窗口中选中“Primary Master”并回车。此时“On-Chip Serial ATA”和“Serial ATA Port0 Mode”选项的设置分别为“Combined Mode”和“Primary Master"。
4、按“F10”键保存BIOS设置，按“Y”键保存并退出。
以上设置完成后，电脑自动重启。重新启动电脑后，再次按“DEL”键进入BIOS，在“Standard CMOS Features”窗口我们看到，SATA硬盘占据了“IDE Channel 0 Master”通道，而PATA硬盘则占据了“IDE Channel 1 Master”通道，光驱占据“IDE Channel 1 Slave”通道。
经过以上设置后，SATA硬盘的优先级就会高于PATA硬盘，我们便可以使用SATA硬盘安装系统。系统的安装过程完全像单独使用PATA硬盘一样。
如果有些用户不想将SATA硬盘作为系统盘，而想把操作系统安装在PATA硬盘上，则可以在BIOS中将PATA硬盘的启动优先级提高：
1、进入“Advanced BIOS Features”窗口，选择“Hard Disk Boot Priority”并进入硬盘启动优先顺序设置窗口。
2、在该窗口中，默认是SATA硬盘排在PATA硬盘的前面，此时可以选中PATA硬盘，然后按“Page Up”键，使PATA硬盘排在SATA硬盘的前面。
最后保存BIOS设置并重新启动电脑，这样PATA硬盘的第一个分区在DOS下便成了“C”盘。
有些用户有多个光驱，如DVD-ROM和DVD刻录机，这种情况下，如何同时使用双光驱呢，我们可以做以下设置。
<2>1个PATA硬盘+1个SATA硬盘+2个光驱的设置方法
首先，硬盘、光驱的物理安装过程需要进行一下改变。
1、将SATA硬盘的数据线连接到主板的“SATA1”接口中；
2、将PATA硬盘设置为“从盘”，然后用1根IDE数据线将它连接到主板的“IDE1”接口上；
3、将两个光驱分别设置为“主盘”和“从盘”，然后利用一根IDE数据线将这两个光驱连接到主板的“IDE2”接口上。
注意，在连接硬盘及光驱的时候，要注意数据线端口的选择。
设备安装好以后，我们再来进行一下BIOS中的设置，设置过程如下：
1、选择并进入“Integrated Peripherals”设置窗口，进入“OnChip IDE Device”设置画面。在该画面中，除了将“IDE HDD Block Mode”、“On-Chip Primary PCI IDE”、“On-Chip Secondary PCI IDE”三个选项设置为“Enabled”外，其他8个选项全部设置为“Auto"。
2、将光标移动到窗口下方的“On-Chip Serial ATA”选项上按回车键，然后在弹出的窗口中选中“Enhanced Mode”后按回车键;
3、将光标移动到“Serial ATA Port0 Mode”上按回车键，在弹出的窗口中选中“SATA0 Master”并回车。此时“On-Chip Serial ATA”和“Serial ATA Port0 Mode”选项的设置分别为“Enhanced Mode”和“SATA0 Master”。
4、按“F10”键保存BIOS设置，按“Y”键保存并退出。
重新启动电脑，再次进入BIOS的“Standard CMOS Features”窗口就会发现，此时共有6个IDE设备通道，其中PATA硬盘占据了“IDE Channel 0 Slave”通道，而两个光驱分别占据了“IDE Channel 1 Master”与“IDE Channel 1 Slave”通道，SATA硬盘占据了“IDE Channel 2 Master”通道.
经过以上设置后，PATA硬盘的优先级比SATA硬盘的高。我们便可以将PATA硬盘做为系统盘安装系统。
如果想把SATA硬盘作为第一启动盘，则可以在“Hard Disk Boot Priority”窗口中将SATA硬盘排在PATA硬盘的前面。
此外，我们在设置“On-Chip Serial ATA Setting”选项时，也可以将“On-Chip Serial ATA”设置为“Auto”，由主板自动根据设备的多少及连接位置来选择SATA工作模式。
二、VIA系列芯片组主板ＢＩＯＳ的设置
VIA的VT8237芯片组也提供了对SATA硬盘的支持，在一些采用PT880、KT880、KT800等芯片组的主板上，采用的往往就是VT8237南桥。
如果主板采用的是VT8237芯片组，那么设置起来会更加的简单，特别是主板的BIOS设置，与INTEL芯片组的ICH5/5R差不多。
物理安装方面，我们还是采用上述INTEL芯片组的安装方法即可。
在BIOS设置中，我们按上述的方法设置好以后，还要在主板的BIOS中找到“SATA”或“Serial ATA”字样的选项，将它设置为“Enabled”或“Auto”即可。
三、第三方芯片的主板ＢＩＯＳ的设置
很多主板芯片组的南桥并不支持SATA，因此主板厂商便会通过板载第三方的SATA控制芯片来提供对SATA的支持。目前使用比较多的第三方控制芯片，主要有Silicon Image公司的Sil3114与Sil3112、Promise公司的PDC20376、SiS公司的SiS180、VIA公司的VT6420等。
对于采用第三方SATA控制芯片的主板而言，由于其传输通道并不占用传统的IDE通道，因此无须过多考虑设备的主从关系。也就是说，SATA硬盘只管接在SATA接口上即可，至于PATA硬盘及光驱，可以享用IDE1、IDE 2两个接口(即4个IDE传输通道)。
由于不同主板厂商所用的第三方SATA控制芯片不尽相同，因此要想在BIOS中打开SATA功能，其选项名称也各不一样。不过有一点相同的是，该选项一般都在“Integrated Peripherals”设置窗口中。用户只需在此设置窗口中查找带“Serial ATA”、“SATA”字样或与SATA控制芯片厂商名相同的选项就对了。
而更多的厂商是在BIOS设置中添加了诸如“Serial ATA Controller”、“Serial ATA Setting”这样的选项，只需将它们设置为“Enabled”即可。
为方便用户，我们这里再简单说一下双SATA和双PATA硬盘的安装
双PATA硬盘：如果你有两个PATA硬盘和一个或两个光驱，因为目前主板只支持四个IDE通道，因此我们只能安装四个IDE设备。设置如下：
1、将两块硬盘分别设置为主盘和从盘，光驱也进行相关设置。
2、将设置为主盘的硬盘连接到IDE数据线的“Master”端，从盘连接到“Slave”端，并将数据线连接到主板的IDE1.
3、将将设置为主盘的光驱连接到IDE数据线的“Master”端，从盘连接到“Slave”端，并将数据线连接到主板的IDE2.
双SATA硬盘的安装
如果两块硬盘都是SATA接口的，那么它们的安装更加简单，只要利用SATA硬盘数据线将两个SATA硬盘分别连接到SATA1、SATA2接口即可。至于光驱，建议利用IDE数据线将它连接到主板的IDE 2接口上。如果是一个光驱，则一个光驱独占IDE2；如果两个光驱，则分别设置为主盘、从盘，然后用一根IDE数据线将它们连接到IDE2上。物理连接好之后，在BIOS中打开SATA控制器即可。具体的设置方法可参考上面介绍的方法，或者查阅主板说明书。